Ici, il faut surtout éviter l'exhaustivité ! Je me bornerai donc à citer en référence des sites qui me semblent exemplaires... Je rappelle que Jacques Julien recense très bien les productions "institutionnelles".

Personnellement, j'attache une attention particulière à la construction des sites, surtout sur des projets courts où l'on peut impliquer les élèves dans la construction même. Je fournirai prochainement les références des publications de mes propres élèves en illustration.

•   Comment réaliser avec des élèves un site web en 6 heures ? Expérience réalisée par un enseignant d'histoire-géographie du lycée d'Evron, en Mayenne, à partir du site de Jublains.
•  Le collège public de Janzé (35) publie un travail de synthèse et de structuration intéressant. On peut pinailler sur 3 liens redirigés et le flou sur les sources, mais la construction et la navigation sont à peu près impeccables. D'ailleurs, à titre d'édification, je fournis la structure du site "revue et corrigée" (les titres ne sont pas totalement harmonisés), avec pour chaque titre le renvoi vers la page d'origine dans une nouvelle fenêtre.
•  Le collège public de Châteaubriant : Dictionnaire intégré, accès à certaines sections par mot de passe : on sent que le site est au service de la pédagogie, et non le contraire.
•  Enfin, un exemple de travail suivi sur plusieurs années, lente édification qui présente elle aussi un intérêt certain : Les plaisirs de l'eau dans le Monde Romain et Les mythes de l'eau dans le Monde Greco-Romain (dans ce dernier cas, il s'agit même d'une collaboration entre établissements) — Lycée Notre-Dame des Marais, Fougères.